Il sistema di gestione e controllo (di seguito Si.ge.co.) è il documento che descrive la struttura, gli strumenti e le procedure messe in atto dall'Autorità di gestione per la gestione e il controllo del Programma operativo.

Il documento, disponibile solo in lingua francese, descrive i ruoli e le responsabilità di tutte le autorità, strutture e organismi pertinenti, sia a livello di programma che nazionale, tenendo conto del ruolo accresciuto assegnato ai paesi partecipanti per questo nuovo periodo di programmazione.

Si tratta di un documento che fornisce un supporto utile per l'esecuzione finanziaria degli interventi e la rendicontazione delle spese nel rispetto della normativa dell'Unione Europea e della normativa nazionale di riferimento, nonché degli orientamenti necessari per l'analisi e il controllo delle spese dichiarate dai beneficiari.

Le informazioni in esso contenute costituiscono la base per il coordinamento e l'armonizzazione delle procedure di verifica messe in atto da ciascuna amministrazione partner del programma.