Conformemente al Regolamento di esecuzione (UE) n. 897/2014 del 18 agosto 2014, il Programma ENI di Cooperazione Transfrontaliera Italia-Tunisia 2014-2020 sarà composto dalle seguenti autorità e dagli organi seguenti:
- Comitato Misto di Sorveglianza
- Autorità di Gestione (AG)
- Autorità di Certificazione (Adc)
- Autorità di Audit (AA) e i membri del gruppo di revisori
- Autorità Nazionali (ANs), compreso un Punto di Contatto Nazionale (PCN)
- Punti di Contatto di Controllo (PCCs)
- Comitato di Selezione dei Progetti (CSP)
- Segretariato Tecnico Congiunto (STC)
- Antenna del STC in Tunisia

In seguito al processo di designazione, la responsabilità dell'Autorità di Gestione (AG) del Programma è affidata alla Regione Siciliana, Presidenza - Dipartimento Regionale della Programmazione, con sede a Palermo.
L'AG è organizzata nel modo seguente:

Il Servizio 5 – Cooperazione territoriale – Programma operativo congiunto ENI Italia Tunisia, del Dipartimento regionale della Programmazione, svolge tutte le attività di cui all’art. 26 del Regolamento (UE) n. 897/2014 e, in particolare, coordina la gestione e l’attuazione del Programma operativo congiunto ENI Italia-Tunisia 2014-2020, compresa l'attuazione dei progetti e della strategia di comunicazione.
Inoltre, per la gestione delle attività previste dal POC, è previsto che il Servizio 5 sia supportato dalle seguenti Aree e Unità del Dipartimento regionale della Programmazione:
AREA 2 - Coordinamento, monitoraggio dei programmi comunitari e nazionali - U.O.B. a2.1: fornisce supporto per la gestione del sistema informativo di monitoraggio Ulysses in tutte le fasi;
AREA 3 - Affari generali – Personale - Bilancio – Comunicazione - Trasparenza – Contratti: fornisce un servizio contabile per gli aspetti relativi alle attività legate alla gestione dei pagamenti dei servizi esterni delle attività del Piano di assistenza tecnica e il sostegno all'attuazione dei piani di comunicazione del Programma
AREA 4 - Assistenza Tecnica: fornisce un servizio di supporto per gli aspetti relativi alle attività legate alle relazioni contrattuali e alle gare d'appalto che saranno avviate a seguito delle attività di assistenza tecnica del programma.
UOB A 7.1 - U.M.C. Autorità di Gestione – Irregolarità e repressioni frodi nei Programmi nazionali e comunitari: effettua i controlli di qualità sulle attività di verifica svolte dai revisori dei beneficiari italiani, effettua le verifiche dell'ammissibilità delle spese per ciascun gruppo di operazioni finanziarie nell'ambito dell'assistenza tecnica del Programma e sostiene l'AG nel controllo delle irregolarità.
L’Autorità di Certificazione è funzionalmente autonoma dall’Autorità di Gestione e dall’Autorità di Audit, (AA), sia dal punto di vista finanziario che da quello organizzativo, e sostiene l'AG in particolare:
a) nell’elaborazione dei budget annuali dettagliati del Programma e dei rapporti finanziari del POC da presentare nell’ambito della relazione annuale;
b) nella preparazione delle domande di pagamento e di prefinanziamento da inviare alla Commissione Europea;
c) nella definizione degli ordini di recupero;
d) nella dichiarazione delle spese per verificare:
- che sia corretta;
- derivi deriva da sistemi contabili affidabili e si basi su documenti giustificativi verificabili;
- che le spese dichiarate siano conformi alle pertinenti norme nazionali e comunitarie e siano state sostenute in relazione alle attività selezionate per il finanziamento, conformemente ai criteri applicabili al programma e alle normative nazionali e comunitarie.